Burhan Apaydın, 27 Mayıs İhtilali'nden sonra, İstanbul Barosu yönetim kurulunun yasağına rağmen Yassıada duruşmalarında Adnan Menderes'in avukatlığını yaptı. Duruşmalar sırasında Menderes için; "Yere düşmekle sakıt olmaz cevher kadr-ü kıymetten" dediği için tutuklandı. 1961'de Adalet Partisi'nden XII. dönem Ankara milletvekili seçildi. 1965 yılında politikayı bırakarak avukatlığa geri döndü ve birçok ünlü davada savunma hakkı için verdiği mücadele nedeniyle "Adalet Savaşçısı" adıyla anıldı. Cumhuriyet tarihinin ilk faili meçhul cinayetinin kurbanı, Ağır Ceza Reisi Ali Rıza Bey'in iki oğlundan biri olan Burhan Apaydın'ın meslek yaşamı stratejik davalarla, Dündar Kılıç, Kürt İdris gibi dönemin ünlü kabadayılarının ve pek çok ünlü kişinin savunmalarıyla doludur. 27 Mayıs İhtilali'nin ardından Demokrat Parti ileri gelenlerinin yargılandığı Yassıada Mahkemelerinin en önemli hukukçularından olan Burhan Apaydın'ın anlattıkları, Türkiye'nin yakın tarihine ışık tutacak, özellikle genç kuşaklar için bir başucu kitabı olacaktır.
"...27 Mayıs ihtilalinden sonra 'düşüklerin savunmaları alınamaz' diye imza toplayanlar... Bir hukuk adamı için, kendini gerçekten 'hukukçu' sayan bir insan için en büyük ayıp, 'şu şu sanıkların savunması yapılmaz' diye düşünülmesidir. O günlerin ihtilal coşkusuna kendilerini kaptıran nice ünlü hukukçu, ne acıdır ki, bu ayıbı işlemişlerdir." (Uğur Mumcu, 26 Aralık 1981)