Biyoenformatik DNA Mikrodizi Veri Madenciliği

Bu kitap mikrodizi verisi üzerinde temel veri madenciliği analiz yöntemlerini uygulayarak, sınıflandırma ve kümeleme işlemlerinin nasıl yapılacağı ve birliktelik kurallarının nasıl elde edilebileceği konusunu ortaya koymak amacıyla hazırlanmıştır.

Mikrodizi analiz yöntemlerinin uygulanmasında R programlama dili yaygın biçimde kullanılmaktadır. Bu konuda araştırmacıların hazırladığı çok sayıda mikrodizi R paketi bulunmaktadır. Kitabımızda ele alınan veri madenciliği yöntemleri uygulamalarında R paketlerinden yararlanılmıştır. R diline alışkın olmayan okuyucular için kitabın birinci bölümü hazırlanmıştır. Bu bölümdeki bilgiler ele alınan uygulamaların anlaşılması açısından yeterli düzeydedir.

Kitabın ikinci bölümünde biyoloji konusunda eğitim almayan okuyucular için bazı temel bilgilere yer verilmiştir. Hücre bilgisi, DNA, RNA, protein ve kromozomlara ilişkin bilgilerin yanısıra bu kitapta yoğun biçimde kullanılan gen ifadesi kavramına açıklık kazandırılmaktadır. Bu bölümde mikrodizi teknolojilerinin neler olduğu hususuna değinilmektedir.

Üçüncü bölümde, mikrodizi veri yapıları üzerinde durularak yaygın biçimde kullanılan Affymetrix, Agilent ve Illumina platformlarında üretilen mikrodizi dosyaların, R ortamına nasıl yüklenebileceği ve kullanılabileceği konusu işlenmektedir.

(Önsözden)